PCR成分操作和选用的注意事项

[2015/1/15]

1) 水:必须是超纯水。在1.5ml离心管内保存。
  (2) Buffer (缓冲液)
  ? 不同公司,不同的DNA Polymerase,对应不同的Buffer。要清楚的区分。
  ? 切记要分装,避免反复冻融。第一次从公司买来要分装。一般是1ml。先250微升分装到四个管内。然后取一个管,分装50微升到五个管内。清楚标记。 ?
  特别注意Buffer (缓冲液)是否有镁离子。如果没有需要额外添加。
  (3) dNTP
  不同公司,不同的DNA Polymerase,对应不同的dNTP,主要是融dNTP的溶液不同公司很有可能是不同的。要清楚的区分。
   切记要分装,避免反复冻融。第一次从公司买来要分装。一般是1ml。先250微升分装到四个管内。然后取一个管,分装50微升到五个管内。清楚标记。
  (4) Primer (引物)
  引物最核心,最重要的是特异性。学会如何利用基因组数据库去判断引物特异性。为了特异性,其他条件都是可以变动的。其他条件都是子满足特异性的前提下考虑的。
  一般长度为 23-35 个核苷酸。但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应 
  理想的 GC 含量为 40-60%
  计算的退火温度(Tm)应在 50-65℃ 
  两条引物间 Tm 差值应在 5℃ 以内避免引物形成引物内二级结构(如发卡结构)以及引物二聚体
  当引入限制性位点时,需要在识别位点 5' 端额外添加 4-6 个碱基。如果直接用PCR产物要进行酶切反应,要额外添加6 个碱基
   每条引物的终浓度应为 0.1-0.5 μM; 引物浓度过高可能导致非特异性引物结合,并产生非特异性扩增产物 ?
  如扩增编码区域,引物3′端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第3位易发生简并,会影响扩增的特异性与效率。 
      引物的5′端可以修饰,而3′端不可修饰。
  引物的5′ 端决定着PCR产物的长度,它对扩增特异性影响不大。因此,可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物5′ 端修饰包括:加酶切位点;标记生物素、荧光、地高辛、Eu3 等;引入蛋白质结合DNA序列;引入点突变、插入突变、缺失突变序列;引入启动子序列等。
  引物的延伸是从3′ 端开始的,不能进行任何修饰。3′ 端也不能有形成任何二级结构可能。
  (5) 模板:
   如论是总DNA还是质粒DNA纯度要尽量高。对反应是否成功至关重要。如果组织量容许,用试剂盒提取总DNA。如果组织量少,用实验室的手提方法。有两个关键点:第一步加的提取液体积要过量,以便充分混匀。最后一步乙醇清洗要进行两次;干燥要彻底,管内不能有液体。要用纯水溶解。
  如果DNA溶解不充分,可以在75-85度水浴中处理10-20分钟,可以显著促进溶解。
  要知道自己模板的浓度。
  模板量根据反应用的DNA Polymerase的要求确定。
  如果PCR DNA产物用于分子克隆,适当提高模板量,这样可以减低PCR反应的循环数,从而降低引入突变的几率。
  (6)DNA Polymerase (DNA聚合酶)
  如果是常规检测,目前是有 Takara Ex-Taq; 如果是分子克隆,用Takara Prime Star;纯粹学习目的,使用 全式金Easy Taq,或是 Takara rTaq.
  (7)建立好反应体系后立即放入已经预热至变性温度的热循环仪中